Les origines de Saint-Apollinaire remontent à l’aube du premier millénaire, c’est le moment où les villages de la Gaule romanisée se voient attribuer des noms évoquant leur toponymie. Le sous-sol du site étant riche en eau (présence de nombreuses fontaines : Bouchet, Gauthier, Soyer), le lieu prend le nom de « Aqualiacus » issu du Latin « aqua locus ».
Le bourg trouve un second souffle au VI° siècle, Clotilde, la première reine catholique de France, épouse de Clovis, fait ériger une petite église pour commémorer la victoire de son guerrier de mari, à Dijon; sur les Burgondes en l’an 500. Clotilde place l’édifice royal sous le vocable d’Apollinaire.
Le nom de Saint-Apollinaire n’apparaît pas avant l’An Mille. A cette époque, le bourg appartient à l’abbaye de Saint-Bénigne. Il semble que l’église ait été bâtie à l’emplacement d’un ancien temple païen (les habitants tenaient pour miraculeuses les eaux de son puits).
Les moines de l’abbaye de Saint-Bénigne christianisent peu à peu les pratiques populaires en faisant invoquer Saint- Apollinaire lors des bains salvateurs pratiqués par les malades. Puis ils rédigent « le livre des Miracles de Saint-Apollinaire » entre 1000 et 1028 pour promouvoir le culte de Saint Apollinaire. Au XIV° siècle, le nom de la ville se prononce « Saint Apoloner » ou « Saint Espoloney » ; au XIX°, dans le patois local « Saint Epleuney », et ses habitants les « Epleumiens ». Sous la Révolution, Saint Apollinaire, nom chrétien, s’est appelé Fontaine Soyer.
Le Moyen-Âge finissant, la bourgeoisie urbaine investit aux alentours de la capitale ducale. Pour se protéger, Saint-Bénigne marque son territoire : Saint-Apollinaire est entourée de bornes délimitant les possessions de l’abbaye. Mais l’attraction de Dijon est trop importante, créant des relations économiques durables avec le bourg. Les Tabourot, riche famille qui s’installe au château « La Motte fossoyée », pour près de deux siècles (1550-1731). Guillaume, le premier du nom, s’installe dans la tour qu’il agrémente, signe extérieur de richesse, d’un pigeonnier.